《小长门有希的消失》是基于曾经《凉宫春日的消失》的设定及世界观为基础。由外传《小凉宫春日的忧郁》的作者ぷよ以长门有希为主角及视野从长门进行的另一种可能性发展的外传漫画作品。描写“感情丰富、文静害羞少女”的长门有希与阿虚的恋爱喜剧故事。2013年12月18日宣布进行动画制作企划。2015年4月至7月播出电视动画，全16话。
故事和人物设定维持《凉宫春日系列》原作小说的基本设定，但与原作小说不同的是，“长门有希和朝仓凉子是外星人”、“朝比奈实玖瑠是未来人”、“古泉一树是超能力者”、“凉宫春日想许的愿望必定会实现的能力”这些特殊能力的设定均删除，取而代之的是所有人物和阿虚一样都是普通的人类。
